|
О проекте Старая Индийская Защита
| |
| Ра | Дата: Среда, 2008-12-03, 16:11 | Сообщение # 21 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Quote (Заварной_Орешек) как это понимать???
Можно понимать как краткость сестра таланта  Фау, а че только 12 бит от сотни нуклеотидов?
|
| |
| |
| Selena | Дата: Среда, 2008-12-03, 16:11 | Сообщение # 22 |
 Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| Заварной_Орешек, как отсутствие верхнего регистра букв при наборе текста. 
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Среда, 2008-12-03, 18:06 | Сообщение # 23 |
 Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Ра,
Потому что "единицей" и "нулем" в этой системе выступали отнюдь не отдельные нуклеотиды. На самом деле задача разпознавания (считывания) и воспроизведения (записи) последовательности химических звеньев макромолекулы является весьма непростой.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Ра | Дата: Среда, 2008-12-03, 19:56 | Сообщение # 24 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Кстате, любопытно "сколько вешать граммов". То бишь сколько всё же гигабайт в одной человечьей ДНК, а не плотность информации в кубометре..
Сообщение отредактировал Ра - Среда, 2008-12-03, 19:56 |
| |
| |
| Selena | Дата: Среда, 2008-12-03, 20:03 | Сообщение # 25 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| Ра, так вообще нельзя ставить вопрос. Как перевести в биты топологию? Кто-нить знает? И вообще - основная информация хранится не там.
|
| |
| |
| Ра | Дата: Среда, 2008-12-03, 20:11 | Сообщение # 26 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Чего это нельзя? Собственно такая величина как плотность инфы в единице объема и взялась из знания количества инфы в ДНК. Скока я понимаю.
|
| |
| |
| Selena | Дата: Среда, 2008-12-03, 20:48 | Сообщение # 27 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| Ра, ага, вы ещё объясните серединку рассчётов, а не только начало и конец... Я когда-то в юности изучала теорию информации и сигналов, так мне дюже любопытно как они эту ёмкость считали... биологи-то...
|
| |
| |
| Ра | Дата: Среда, 2008-12-03, 21:14 | Сообщение # 28 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Ваще то Биосерж этими делами занимался.
Сообщение отредактировал Ра - Среда, 2008-12-03, 21:15 |
| |
| |
| bioserge | Дата: Среда, 2008-12-03, 23:25 | Сообщение # 29 |
 Болтун
Группа: Алисоведы
Сообщений: 71
Статус: В реале
| Я только программировал ... писал программы, которые обрабатывали все эти байты. Про теорию информации я ничего не знаю.
|
| |
| |
| Ниkолай | Дата: Четверг, 2008-12-04, 07:27 | Сообщение # 30 |
|
Синяя гусеница
Группа: Алисоведы
Сообщений: 574
Статус: В реале
| Я бы обратил внимание на размерность величины (ёмкости информации) В соответствии с голографическим принципом, имея компьютер с монитором нормального размера, вы можете извлечь из этого изображения 3 x 10^(65) бит информации. Голографический принцип, до сих пор не доказанный, утверждает, что существует некое максимальное количество информации, содержащееся в областях, прилегающих к той или иной поверхности. Следовательно, вопреки интуитивному представлению, количество информации, содержащееся в комнате, зависит не от объема комнаты, а от площади ограничивающих ее стен. Quote (Ра) Собственно такая величина как плотность инфы в единице объема и взялась из знания количества инфы в ДНК. Важна
плотность инфы но только приходящияся на единицу поверхности
бит/см^2 И в биологии надо оперировать этой величиной
количество информации, содержащееся в ДНК, зависит не от объема молекулы, а от площади ее поверхности, причём различные участки поверхности параллельно работают и скорость процесса
передачи инфы собственно пропорцианальна площади поверхности...........
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Четверг, 2008-12-04, 09:48 | Сообщение # 31 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| ДНК, является трехмерным (гм, как минимум) объектом.
И его информационная емкость не может быть высчитана только исходя из линейной последовательности его звеньев. Или мифической величины "площади молекулы" (У молекул нет "площади" как размера, то есть - вообще. Есть только площади распределения молекул по поверхности чего-то. Как функция от параметров взаимодействия самой молекулы и вещества этой "подложки")
ДНК является химическим объектом.
И - значит - его "звенья", несмотря на то что они "повторяющиеся", не тождествены друг другу.
Помимо этого, природа считывающих и записывающих природных (биологических) устройств еще и такова, что один и тот же носитель информации работает в нескольких (точное их число - неизвестно) параллельных системах передачи информации.
Так что, на мой взгляд, ответ об "максимальной" информации зависит исключительно от того какую степень упрощения вы выберете для представления об ДНК, как о информационном носителе.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Ниkолай | Дата: Четверг, 2008-12-04, 11:29 | Сообщение # 32 |
|
Синяя гусеница
Группа: Алисоведы
Сообщений: 574
Статус: В реале
| Голая была молекула. Нечем ей было прикрыть свою объёмную наготу.
Стесняясь своих выпуклостей она мечтала о покрывале.
Вот бы завернуться во что-нибудь... да пожалуй нанометров надцать-надцать пойдёт
квадратных конечно.
|
| |
| |
| Ра | Дата: Четверг, 2008-12-04, 13:32 | Сообщение # 33 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Николай, а что там с волновой природой, опять же? Есть ли у молекул четкие границы? А если плюс-минус лапоть так это сильно влияет на гипотетическую площадь. Пропорционально квадрату линейного размера
|
| |
| |
| Ниkолай | Дата: Четверг, 2008-12-04, 13:51 | Сообщение # 34 |
|
Синяя гусеница
Группа: Алисоведы
Сообщений: 574
Статус: В реале
| Я про размерность в бит/см^3не вызывает вопросов по границе Объёма
а бит/см^2мы не можем составить (потому как площади почему то нет )
Так давайте принимая одно не шарахаться от другого Когда шар то соотношение однозначно-тривиальное ...зная Объём знаем Площадь
Теперь этот же Объём (он у нас почти const) распределим (атомы составляющие молекулу) в другую форму Площадь изменится значительно
Реакционная способность существенно изменится Если ищем количественную характеристику информационной ёмкости, то Вопрос
какая из двух озвученных более предпочтителна (в любом случае упрощение не избежать) но с чёткой количественой величиной нам намного сподручней действовать , экспериментировать, искать, прогнозировать....и т.д.
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Четверг, 2008-12-04, 14:29 | Сообщение # 35 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Счет в битах на кубический сантиметр ничем не научнее чем счет в битах на квадратный сантиметр - это несомненно. Просто тот немец, слова, которого я приводил четко и ясно обозначил как именно "объем" связан с элементами строения ДНК. 10 нуклеотидов на "фрагмент объема" - по факту цилиндра, а не спирали с площадью основания и высотой. Откуда он это взял я не знаю и по-хорошему надо бы еще и проверить, так ли это. Напомню что ДНК на самом деле - двойная спираль, так что тут имеет место немалое упрощение. Есть и другое. Из его изложения ясно, что система упрощения по умолчанию заключена в том, что для него любой элемент строения (нуклеотид) является двухбитовым носителем - и неважно так ли это, работает ли это и может ли принципиально работать.
Вот и вся премудрость.
Естественно, когда речь заходит о работающих устройствах, принципиально важно чтобы носитель был доступен. Отсюда и все эти премудрости с "площадями". Для ДНК расчет, например, связанный с площадью поверхности все того же "немецкого" цилиндра был бы грубым и ничем неоправданным упрощением. Как бы не дифференцировались нуклеотиды в ДНК на "информационные" и "неинформационные", но происходит это не по принципу доступности их извне в свернутой спирали. Известные нам природные (биологические) устройства считывания и записи работают с последовательностями нуклеотидов в развернутых спиралях. Таким образом грубая "немецкая" оценка - вполне пригодна и нуждается, быть может, в уточнении, "пересмотре основ".
По-моему так.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Ниkолай | Дата: Четверг, 2008-12-04, 14:53 | Сообщение # 36 |
|
Синяя гусеница
Группа: Алисоведы
Сообщений: 574
Статус: В реале
| Я заходил со стороны информационной (количество информации на единице площади (не известно кого носителя)) и предлагал этот подход к оценки информационной ёмкости ДНК
Разумеется механизмы считывания и записи нужно более мене знать, но в этой активной фазе (пусть при развёрнутой спирали)
мы наверняка насчитаем площади соприкосновения участка ДНК и того агента ? (носителя) которому будет передана эта информация (которая наверняка может варьироваиться 1,2, 3... бита?) ...причём одновременно параллельно будут работать другие участки (которые могут как по площади соприкосновения различаться так и по битам) ...просто счётное количество прорегирующих участков не даст надёжного представления о количестве переданной информации...
вполне возможно что по ёмкости участки будут отличаться биты/площадь соприкосновения ...и эти площади разумеется зависят от структуры этих участков короче немец нам не указ
Сообщение отредактировал Ниkолай - Четверг, 2008-12-04, 14:54 |
| |
| |
| Selena | Дата: Четверг, 2008-12-04, 16:32 | Сообщение # 37 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| А как вам то, что вообще бинарность информации ДНК взята с потолка? Кто доказал, что она бинарна?
|
| |
| |
| Ра | Дата: Суббота, 2008-12-06, 00:47 | Сообщение # 38 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Тупо забил запрос по яндексу и получил ссылку на форум, где люди грамотно разрулили проблему: http://teron.ru/index.p....5&st=15 Итого у них получилось кодировка первичной структуры одной молекулы человеческого ДНК займет 800 мегабайт (не бит). С оговорками, о которых в цитате ниже. Однако прелюбопытным для меня оказалось выделенное жирным: По расчетам, люди оказываются идентичными по нуклеотидным последовательностям на 99,9%. т.е. различия между людьми возникают за счет различий лишь в 1% генома (Бочков Н.П., 2002). И еще хохма - по данным секвенирования (проект "Геном Человека") в геноме чуть за 30 000 генов. Большинство генов имеют размеры до 50 000 пар нуклеотидов. Число синтезируемых белков больше числа генов в 1,5-2 раза. Это объясняют результатом альтернативного сплайсинга при вырезании интронов. Как размеры генов, так и число экзонов и интронов в них варьирует в довольно широких пределах. Кстати в выделенном похоже ошибка - различия во всех людях не процент, а десятая доля процента..
Сообщение отредактировал Ра - Суббота, 2008-12-06, 00:52 |
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Суббота, 2008-12-06, 01:32 | Сообщение # 39 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Я, признаться, сейчас не слишком трезв. Но процитированное никак не кажется мне грамотным. И дело вовсе не в путанице с процентом и его долями.
Проект "геном человека" никоим образом не устанавливал "числа генов". Не фига приписывать этому рекламному фуфлу весь опыт науки. И вообще "число генов" (даже в том смысле в каком оно используется в цитате - то есть описывающих "рецепт" синтеза белка фрагментов цепи полинуклеотидов) не сосчитано. Есть число известных генов и хрен его знает сколько неизвестных.
В принципе тоже самое относится и к "различиям". Различия, простите, в чем? То фуфло - т.е. проект "Геном человека" - с натужным хрипом определило (уря!!!) последовательность нуклеотидов у некого "усредненного человека. Такого человека, естественно, никогда не существовало, но это не отменяет факта, что "известен" геном именно одного человека (одна штука). Остальное - в том числе цифры различия - оценки на основании интерполяций.
И я не понял откуда оценка мегабайтов "одной молекулы". Напомню на всякий пожарный, что у человека их 23 пары из двойных опять же цепей. Всего 92 то есть. И цепи эти разной длины.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Ра | Дата: Суббота, 2008-12-06, 01:48 | Сообщение # 40 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Алисоведы
Сообщений: 1708
Статус: В реале
| Ну я уж не знаю Фау, Вам виднее. Я ссыль дал, они там обсуждали. Правда года два назад. Но может тот форум жив? - тогда можно и спросить. А проект не хайте - я так понял Биосерж самолично программерскую его часть развивал
|
| |
| |
|
