|
О проекте Старая Индийская Защита
| |
| bioserge | Дата: Суббота, 2008-12-06, 11:12 | Сообщение # 41 |
 Болтун
Группа: Алисоведы
Сообщений: 71
Статус: В реале
| Quote (Фауфабаоф) То фуфло - т.е. проект "Геном человека" - с натужным хрипом определило (уря!!!) последовательность нуклеотидов у некого "усредненного человека. Такого человека, естественно, никогда не существовало На уровне 2000 года параллельно проходили два проекта - один поводился компанией Celera Genomics, а второй всем остальным научным сообществм вместе. Celera секвенировала ДНК одного вполне конкретного человека. Говорят, что это был сам Craig Venter. Общий научный проект секвеировал 10 конретных и вполне различных людей. После этого было секвенировано очень много разных людей, так что "усреднённого человека" вроде бы как и не было... Quote (Ра) я так понял Биосерж самолично программерскую его часть развивал Я писал цикл программ поиска "похожих" последовательностей. Это из общих соображений - если например два протеина очень похожи, то они должны иметь похожие свойства... Поиск может быть по базам данных нулеотидов, протеинов и даже баз данных специальных матриц. Основная программа называется BLAST. Basic Alignment Search Tool.
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Воскресенье, 2008-12-07, 00:47 | Сообщение # 42 |
 Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Сейчас посмотрел по телевизору образовательный фильм про генетику (2005 год). Показывали в том числе самого Вентера. Там из его собственных уст прозвучала информация, что по результатам "Генома человека" было установлено, что генов 26 000 и было уяснено, что генетическая разница между людьми крайне незначительна. Я бы с большим почтением отнесся к этой информации от человека как минимум имеющего все шансы знать как обстоит дело, если бы все то не перемежалось привычным и надоевшим словоблудием в закадровом тексте фильма: "Вековая мечта человечества", "прогресс какого еще не знала наука". "полное знание своей природы" и т.д. и т.п.. Все же остаюсь при своем недоумении. Нельзя однозначно поделить всю ДНК на"гены" и "не гены". Даже если исходить из того что гены ограничены какими либо маркирующими "начало" и "конец" гена фрагментами - само по себе такое предположение (правило - неважно как это называть) не могло быть результатом проекта "Геном человека". Я мог прохлопать ушами и не услышать о существовании такого простого как блин правила, но я о нем так и не услышал - просто пришлось его выдумать чтобы постараться понять как это можно узнать "конечное число генов", не узнав (а это само собой) их функций. Повторюсь "геном человека" - установил последовательность нуклеотидов в цепочках ДНК 23 хромосом и все. И еще большее недоумение вызывает связь "генома человека" и представлений о том что люди "похожи". Да у меня был (в общем-то так до конца и не развеянный) предрассудок, что "расшифрованная" последовательность была составной. Даже если она была индивидуальной. Она была одна (одна штука) и на нее было убито много лет и много денег.. в этой связи Quote (bioserge) После этого было секвенировано очень много разных людей
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Selena | Дата: Воскресенье, 2008-12-07, 15:34 | Сообщение # 43 |
 Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| Фауфабаоф, в принципе гены так и определяют. Маркёры есть - иначе как реплицировать именно определённый белок? Но вообще для меня во всём этом существует огромная мистификация. Гены, это участки кода для создания белков. Нет ничего удивительного в том, что тела одного вида состоят из одинаковых белков. Разница в доли % как раз укладывается в понятие аллелей? Или нет? Ну типа изотопов у атомов. Кто и когда определил, что сущность человеческая заключена в генах??? Вот вам близнецы - разве они одно и то же несмотря на генетическую идентичность?
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Воскресенье, 2008-12-07, 22:17 | Сообщение # 44 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Selena,
при синтезе белка вроде бы речь идет о транскрибировании, а не репликации - но это не суть как важно.
Я же о том, что вроде как получается, что "геном человека" позволил насчитать 52 000 маркеров "начала" и "конца" (т.е. 26 000 попарно) с заключенными между ними .... чем-то, что надо бы считать генами - так получается? Так вот, я как-то не слыша определенности в том что "начало" и "конец" это такие повторяющиеся элементы . Там как-то все посложнее устроено. Вот и хотелось бы разобраться откуда 26 000 - из прямого "в лоб" подсчета, или из каких-то еще допущений и моделей. Надо будет порыться как-нибудь на досуге. Что же касается "мистификации" я бы даже еще усилил (то есть Ваш вопрос справедлив, но и это еще не все). Есть ведь еще неопределенность с тем когда гены (производство белка, в смысле) работают, а когда - нет. Время? Где оно в "коде ДНК"? Между тем согласно представлениям о том как при малом различии "в составе" получить большие отличия в свойствах касаются именно различий в интенсивности работы генов (одних и тех же!) и в длительности их активной работы. По-моему так.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Selena | Дата: Воскресенье, 2008-12-07, 22:30 | Сообщение # 45 |
|
Льюис Кэрролл
Группа: Администраторы
Сообщений: 9364
Статус: В реале
| Quote (Фауфабаоф) Так вот, я как-то не слыша определенности в том что "начало" и "конец" это такие повторяющиеся элементы . Там как-то все посложнее устроено.
Да нет. Там именно определённые кодоны, которые только как маркёры появляются. Где-то же было про это на форумах передачи Гордона. Ещё тогда, после передач о генетике. Quote (Фауфабаоф) Время? Где оно в "коде ДНК"?
Ну так ведь не найден управляющий центр, который командует когда что производить. Особенно показателен эмбриональный период.
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Понедельник, 2008-12-08, 00:38 | Сообщение # 46 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Selena,
приведу, к примеру, такую цитату
Quote Структурными генами называются участки ДНК, кодирующие белковые цепи, т-РНК и р-РНК. В классической биологии гены определяли как часть хромосомы, определяющей какой-то наследственный признак. Более точное определение дала молекулярная биология: ген – фрагмент генетического кода, который может синтезировать только один определённый полипептид или РНК. Наряду со структурными генами ДНК содержит регуляторные последовательности. Они могут обозначать начало или конец структурного гена, запускают или прекращают транскрипцию.
Это из учебного курса.
заметьте: "последовательности" - неопределенное число и "могут" - все разом. Я почему-то только такие описания и встречал. Общими фразами. От таких общих фраз до подсчета количества сложно дойти. Если пишут и говорят, я не сомневаюсь, что сделали и что была методика - любопытства ради поставил себе зарубочку посмотреть, по-возможности, что это был за метод.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Понедельник, 2008-12-08, 00:52 | Сообщение # 47 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Вот еще по гуглу нашел прикольный фрагмент о том, что нагуглить можно всякое 
цитирую по Гены в постгеномную эру Пол Э. Гриффитс (Paul E. Griffiths), Карола Штотц
Quote Традиционно "экзон" понимался транслируемым в белок фрагментом эукариотного гена. Однако все больше экзон определяется как сегмент эукариотного гена, выполняющим подобное действие посредством посттранскрипционной обработки, выстраивающей часть зрелой мРНК. Обратившись в начале 2005 года к поиску в портале Гугл определений "экзона" мы получили 26 вариантов, шестнадцать из которых сводили экзон к кодированию последовательностей[3] , пять допускали их принадлежность к нетранслируемым областям гена (UTRs)[4] , и пять не проясняли эту особенность. Подобное различие весьма многозначительно. Традиционное определение не видело смысла в различении экзонов в нетранслируемой области с обоих концов эукариотного гена, и в 2005 было всё еще находились биологи, расценивавшее такое различение как несоответствующее отождествление. Также вряд ли имело бы смысл различение экзонов в последовательностях, расшифровывающихся как РНК и никогда не дающих начало белку. Однако с открытием биологами новых классов функциональных РНК, и с возрастанием интереса к регулятивной роли альтернативной стыковки (splicing) нетранслируемых областей изменилось и значение "экзона". Пора спать, короче
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
| Фауфабаоф | Дата: Понедельник, 2008-12-08, 10:12 | Сообщение # 48 |
|
Териоморф
Группа: Алисоведы
Сообщений: 5148
Статус: В реале
| Сейчас попытаюсь ухватить за хвост мысль.
Э...
Генетический "механизм" производства белка (хотя бы) включает несколько стадий считывания информации с ДНК. Причем, это информация с разных участков ДНК. Успехи "генной инженерии" показывают, что в ряде случаев наиболее простые (?) механизмы понятны и могут быть узнаны и даже изолированы и перемещены (а может, только их части, встраивающиеся в готовый механизм реципиента?). Для меня остается под вопросом всегда ли механизмы подобны этим простым (?) или имеют место усложнения и модификации. И остается непонятным как считали "гены" (т.е кодировку белка) расшифровщики (читатели  ) генома. Как-то так.
" Nur um der Hoffnungslosen willen ist uns die Hoffnung gegeben "
|
| |
| |
|
